作為全國首批博士、碩士學位授予單位，截至2
014年4月，學校擁有博士后流動站14個，一級學科博士學位授權點11個，一級學科碩士學位授權點44個，博、碩士專業學位14種；擁有國家重點學科2個，國家重點培育學科1個，農業部重點學科1個（預防獸醫學），江蘇省高校優勢學科5個，江蘇省一級學科重點學科6個，江蘇省國家重點學科培育點1個。

根據美國ESI（Essential Science Indicators，基本科學指標庫）2012年11月份公布的最新數據，學校的化學、植物與動物科學、工程學、農業科學4個學科的ESI排名進入全球大學和科研機構前1%。

中國語言文學、作物學、獸醫學、植物保護農業工程、化學、畜牧學、中國史、數學、水利工程、草學、生物學、中西醫結合、馬克思主義理論博士后流動站。

獸醫學、作物學、化學、畜牧學、文化傳承與區域社會發展

中國語言文學、數學、水利工程、中西醫結合、中國史、草學

揚州大學一級學科（不包含二級學科）排名如下：