根據2015年1月學校官網顯示，學校有一級學科博士學位授權 點8個（基礎醫學、臨床醫學、口腔醫學、公共衛生與預防醫學、藥學、特種醫學、護理學、人文醫學）、二級學科博士學位授權點50個；一級學科碩士學位授權點11個、二級學科碩士學位授權點73個；博士后科研流動站7個，學位授權點已覆蓋醫學、理學、工學、管理學、法學、教育學和文學等7個學科門類；擁有3個國家重點學科、1個國家重點培育學科、2個江蘇省一級學科國家重點學科培育建設點、3個江蘇省一級學科重點學科。基礎醫學、公共衛生與預防醫學、臨床醫學、口腔醫學是江蘇省高校優勢學科。 4個學科進入“基本科學指標”數據庫（Essential ScienceIndicators，簡稱ESI）全球前1%。

內科學、勞動衛生與環境衛生學、藥理學

病理學與病理生理學

基礎醫學、臨床醫學、公共衛生與預防醫學、藥學

 

 

在教育部2012年第三次學科評估中，南京醫科大學共有5個一級學科參評，結果如下：

基礎醫學、臨床醫學、公共衛生與預防醫學、口腔醫學、藥學等