根據2014年6月學校官網顯示，學校設有94個本科專業，建有3個一級學科博士學位授權點，二級學科博士學位授權點有20余個，17個一級學科碩士學位授權點和105個二級學科碩士學位授權點。擁有1個江蘇省高校國家重點學科培育建設點，6個江蘇省一級學科重點學科，3個江蘇省一級學科重點建設學科，5個省優秀學科梯隊，2個江蘇省高校優勢學科建設工程一期項目。[6]

南通大學博碩士點一覽表

國家重點學科培育建設點（1個）：人體解剖與組織胚胎學

 

省高校優勢學科（2個）：基礎醫學、新能源及其裝備

省一級學科重點學科（6個）：基礎醫學、信息與通信工程、臨床醫學、中國語言文學、特種醫學、美術學

省重點學科（6個）：人體解剖與組織胚胎學、 中國古代文學、通信與信息系統、航空、航天與航海醫學、內科學、外科學

省重點建設學科（3個）：機械設計及理論、控制理論與控制工程、眼科學

省優秀學科梯隊（5個）：人體解剖與組織胚胎學、中國古代文學、機械設計及理論、通信與信息系統、骨外科

省醫學重點學科（3個）：手外科、眼科學、實驗診斷學

省臨床醫學中心（1個）：手外科

省臨床醫學重點專科（10個）：血液內科、消化內科、心血管內科、普外科、骨外科、眼科、醫學檢驗神經內科 、皮膚性病學、腎內科