截至2014年9月，學校有32個碩士授權一級學科、14種專業學位授予 權、16個博士授權一級學科和15個博士后流動站；學校還擁有作物學、農業資源利用、植物保護和獸醫學等4個一級學科國家重點學科，蔬菜學、農業經濟管理和土地資源管理等3個二級學科國家重點學科，及食品科學國家重點培育學科，有8個學科進入江蘇高校優勢學科建設工程，農業科學、植物與動物學、環境生態學、生物與生物化學等4個學科領域進入ESI學科排名全球前1%。

作物學、植物保護、農業資源利用、園藝學、畜牧學、獸醫學、食品科學與工程、公共管理、科學技術史、生物學、水產、農業工程、動物學、生態學、草學。

一級學科博士點：應用經濟學、生物學、科學技術史、農業工程、食品科學與工程、作物學、園藝學、農業資源與環境、植物保護、畜牧學、獸醫學、水產、農林經濟管理、公共管理、草學、生態學。

一級學科碩士點：哲學、理論經濟學、社會學、外國語言文學、數學、化學、海洋科學、機械工程、計算機科學與技術、輕工技術與工程、環境科學與工程、林學、中藥學、管理科學與工程、工商管理、圖書情報與檔案管理、風景園林學、應用經濟學、生物學、科學技術史、農業工程、食品科學與工程、作物學、園藝學、農業資源與環境、植物保護、畜牧學、獸醫學、水產、農林經濟管理、公共管理、草學、生態學。

物學、植物保護、農業資源與環境、獸醫學、食品科學與工程、農林經濟管理、現代園藝科學、農業信息學。

國家重點學科

一級學科國家重點學科：作物學、植物保護、農業資源利用、獸醫學

二級學科國家重點學科：蔬菜學、農業經濟管理、土地資源管理

國家重點（培育）學科：食品科學

省級重點學科

十二五期間一級學科省重點學科：科學技術史、畜牧學、公共管理、生態學、草學

二級學科省重點學科：植物學、微生物學、科學技術史、食品科學、果樹學、植物營養學、動物營養與飼料科學、基礎獸醫學、臨床獸醫學、土地資源與管理、生物信息學、農村發展、植物檢疫與生物安全、農業信息學。

在教育部第三輪全國高校學科評估中，南京農業大學共有12個學科參評，6個學科排在前5位，10個學科排在前10位，其中農業資源與環境排在第1位。