截止2014年，學校擁有一級學科國家重點學科2個、二級學科國家重點學科4個（國家重點學科覆蓋的二級學科總數為9個）；有5個江蘇省優勢學科，7個江蘇省一級重點學科，7個工信部重點學科；9個國家級特色專業，34個江蘇省品牌特色專業，4個國防重點建設專業。

同期，學校設有14個一級學科博士后流動站，16個一級學科博士學位授權點，30個一級學科碩士學位授權點，具有金融碩士、國際商務碩士、社會工作碩士、翻譯碩士、工程碩士、工商管理碩士（MBA）、公共管理碩士（MPA）、會計碩士、圖書情報碩士、工程管理碩士等10個專業學位授予點。

一級學科博士學位授權點：

兵器科學與技術、儀器科學與技術、控制科學與工程、機械工程、材料科學與工程、光學工程、化學工程與技術、力學、信息與通信工程、電子科學與技術、計算機科學與技術、管理科學與工程、環境科學與工程、軟件工程、數學、電子科學與技術。

一級學科碩士學位授權點：

兵器科學與技術、儀器科學與技術、控制科學與工程、機械工程、材料科學與工程、光學工程、化學工程與技術、力學、信息與通信工程、電子科學與技術、生物醫學工程、化學、動力工程及工程熱物理、安全科學與工程、應用經濟學、工商管理、圖書館情報檔案管理、電氣工程、土木工程、設計學、交通運輸工程、物理學、統計學、計算機科學與技術、管理科學與工程、航空宇航科學與技術、環境科學與工程、軟件工程、數學、電子科學與技術。

兵器科學與技術、儀器科學與技術、控制科學與工程、機械工程、材料科學與工程、光學工程、化學工程與技術、力學、信息與通信工程、電子科學與技術、計算機科學與技術、管理科學與工程、航空宇航科學與技術、環境科學與工程。

教育部第三輪全國高校學科評估結果發布，南京理工大學共有14個學科參評，3個學科排在前10位，其中，兵器科學與技術排在第1位。