截至2014年1月，東南大學擁有29個博士學位一級學科授權點，49個碩士學位一級學科授權點， 5個國家一級重點學科（涵蓋15個二級學科），5個國家二級重點學科，1個國家重點（培育）學科，11個江蘇高校優勢學科建設工程一期項目立項學科（群），14個江蘇省一級學科重點學科，28個博士后科研流動站。

在2012年第三輪全國學科評估中，15個學科進入前20%，有12個學科進入全國前七位，有10個學科位列全國前五位，其中生物醫學工程、交通運輸工程、藝術學理論等3個學科位列全國第一位，建筑學、電子科學與技術、風景園林學等3個學科位列全國第二位，土木工程、城鄉規劃學等2個學科位列全國第三位，信息與通信工程位列第四位，儀器科學與技術位列第五位，動力工程及工程熱物理位列第六位，公共衛生與預防醫學位列第七位，排名第一的學科數并列全國高校第七位。工程學、材料科學、數學、物理學、化學、臨床醫學和計算機科學等7個學科進入ESI世界前1%；工程學上升到第83位 。

國家重點學科

一級學科重點學科（5個）

1、電子科學與技術（物理電子學，電路與系統，微電子學與固體  電子學，電磁場與微波技術）

2、信息與通信工程（通信與信息系統，信號與信息處理）

3、建筑學（建筑歷史與理論，建筑設計及其理論，城市規劃與設計，建筑技術科學）

4、交通運輸工程（道路與鐵道工程，交通信息工程及控制，交通運輸規劃與管理，載運工具運用工程）

5、生物醫學工程（不分設二級學科）

二級學科重點學科（5個）

藝術學，熱能工程，控制理論與控制工程，計算機應用技術，結構工程

國家重點（培育）學科（1個）

機械制造及其自動化

江蘇高校優勢學科建設工程一期項目立項學科（群）（11個）

電子科學與技術、信息與通信工程、控制科學與工程、計算機
科學與技術、建筑學、土木工程、交通運輸工程、生物醫學工程、醫學技術、新材料及其應用（主要依托學科：材料科學與工程、機械工程、化學工程與技術）、新能源發電與利用（主要依托學科：動力工程及工程熱物理、電氣工程）

一級學科省重點學科（14個）

哲學、數學、生物學、 統計學、光學工程、儀器科學與技術、環境科學與工程、城鄉規劃學、風景園林學、軟件工程、臨床醫學、公共衛生與預防醫學、管理科學與工程、藝術學理論

 

博士學位授權一級學科點（29個）

哲學、應用經濟學、數學、物理學、生物學、統計學、機械工程、光學工程、儀器科學與技術、材料科學與工程、動力工程及工程熱物理、電氣工程、電子科學與技術、信息與通信工程、控制科學與工程、計算機科學與技術、建筑學、土木工程、化學工程與技術、交通運輸工程、環境科學與工程、生物醫學工程、城鄉規劃學、風景園林學、軟件工程、臨床醫學、公共衛生與預防醫學、管理科學與工程、藝術學理論

碩士學位授權一級學科點（49個）

哲學、 應用經濟學、法學、社會學、馬克思主義理論、教育學、心理學、體育學、中國語言文學、外國語言文學、數學、物理學、化學、生物學、生態學、統計學、力學、 機械工程、光學工程、儀器科學與技術、材料科學與工程、動力工程及工程熱物理、電氣工程、電子科學與技術、信息與通信工程、控制科學與工程、計算機科學與技術、建筑學、土木工程、水利工程、測繪科學與技術、化學工程與技術、交通運輸工程、環境科學與工程、 生物醫學工程、城鄉規劃學、風景園林學、軟件工程、 基礎醫學、臨床醫學、公共衛生與預防醫學、護理學、管理科學與工程、工商管理、公共管理、圖書情報與檔案管理、藝術學理論、美術學、設計學