學校按照“穩定與優化工科，強化經管與理科，扶持人文與社會學科”的專業建設思路，以優化學科與專業結構為重點，加大專業結構調整力度，建設品牌專業和優勢專業群，形成了與學校辦學定位和發展目標相符合的專業結構與布局。有11個省部級一級重點學科（涵蓋39個二級學科）、3個國家特色專業、7個市級特色專業及9個校級特色專業。同時學校緊貼需求，設置并重點建設了新辦專業，新辦專業均具有學科基礎，大部分在原有專業方向基礎上發展而來，教學條件好，師資充足，教學質量有保證，學生滿意。

重點學科

“十二五”期間重點建設學科的有：1個交通運輸部重點學科、10個重慶市一級重點學科（涵蓋39個二級學科）。

博士學位

截止2013年7月，學校有水利工程、交通運輸工程、管理科學與工程等3個一級學科博士點，13個二級學科博士點（其中11個目錄內二級學科博士點，2個目錄外二級學科博士點——道路安全理論與技術、交通運輸經濟），涉及2個學科門類。

碩士學位

截止2013年7月，學校擁有土木工程、水利工程、交通運輸工程、管理科學與工程、力學、機械工程、材料科學與工程、計算機科學與技術、測繪科學與技術、馬克思主義理論、地理學、工商管理、軟件工程等13個一級學科碩士點，55個二級學科碩士點（包括2個一級學科不分設二級學科碩士點——管理科學與工程、軟件工程和7個目錄外二級學科碩士點——馬克思主義新聞理論及實踐研究、交通電氣裝備及控制、土木工程安全與環境、基礎設施管養工程、空間數據應用及云計算、道路安全理論與技術、交通運輸經濟），涉及4個學科門類。

注：標注*為一級學科授權點，標注**表示該一級學科不分設二級學科。

工程碩士

博士后站

學校現有土木工程、水利工程、交通運輸工程3個一級學科博士后科研流動站，涵蓋15個博士學位授權點，博士后科研流動站內人數逐年不斷增加，為學校創造高水平研究成果、拓展學術領域、擴大學術交流提供活力，推動學校產、學、研的不斷結合。