福建農林大學在福建省屬高校中率先開展研究生教育，率先獲得國家重點學科、碩博士學位授予權、一級學科博士點、博士后科研流動站，率先獲得國家百篇優秀博士論文。據2014年4月學校官網顯示，學校共有2個國家重點學科（含培育）、3個部委重點學科，3個省優勢學科創新平臺（含培育）、9個省特色重點學科、21個省級重點學科；設有博士后科研流動站11個、一級學科博士點11個、一級學科碩士點23個，均居全國省屬農林院校第2位。在2012年全國第三輪學科評估中，1個學科進入全國前5名，4個學科（植物保護、林學、林業工程、風景園林學[6-9]     ）進入全國前10名，8個學科進入全國前20名。

博士后科研流動站

園藝學（1998年）、作物學（1999年）、植物保護學（1999年）、林學（2007年）、農林經濟管理（2007年）、食品科學與工程（2007年）、生物學（2009年）、林業工程學（2009年）、生態學（2012年）、風景園林學（2012年）、農業資源與環境（2012年）[10-20]            

重點學科

國家級重點學科（1個）：植物病理學

國家級重點（培育）學科（1個）：作物遺傳育種

農業部重點學科（2個）：植物病理學、作物遺傳育種

國家林業局重點學科（1個）：森林培育[21] 

福建省省級重點學科（21個）：植物保護、作物學、林學、農業資源與環境、園藝學、農林經濟管理、林業工程、生物學、食品科學與工程、生態學、風景園林學、畜牧學、獸醫學、馬克思主義理論、農業工程、公共管理、環境科學與工程、統計學、交通運輸工程、機械工程、工商管理

福建省特色重點學科（9個）：林學、園藝學、農林經濟管理、林業工程、生物學、生態學、食品科學與工程等